Empiezan los planes de mejorar y engrandecer la base madre con el objetivo de vengarse de Cipher (Los Patriotas). Tras su rescate es trasladado a la base madre, es ahí cuando crea junto a Big Boss Diamond Dogs, una organización mercenaria similar a Militaires Sans Frontiers. La primera misión será ir a rescatar a Kazuhira Miller, uniforme de estados unidos 2022 que ha sido secuestrado en Afganistán cuando entrenaba los muyahadines de la región para defenderse contra la invasión por parte de la Unión Soviética.
