Aparte de la elección de jugar con Punished ‘Venom’ Snake para poder efectuar las misiones, camiseta de eeuu el jugador también puede elegir a un personaje que se encuentra dentro de la ‘Base Madre’ del jugador que haya capturado o rescatado para efectuarlas. En los mundos en que el jugador puede interactuar se encuentran las misiones marcadas en el dispositivo iDroid, el cual ayuda a establecer las ubicaciones en que el jugador debe llegar para poder realizar lo encomendado por estas.
