En el segundo partido de su grupo empataron 1-1 con el actual campeón del mundo en ese entonces Alemania, Medel saldría al minuto 70′ siendo reemplazado por Paulo Díaz, camiseta eeuu debido a una contractura en la pierna derecha. Jugo los 6 partidos de su selección en la Copa América Centenario, disputando 539 minutos, siendo vital en el segundo título en la historia de la selección chilena al igual que en el primero y siendo parte del 11 ideal de la Copa.
